MNK Nacional Zagreb osnovan je 12.06.2003 u Gospiću pod imenom MNK Gospić. U mandatu prvog predsjednika gosp. Jose Vrkljana i pod imenom MNK Gospić osvojeno je Prvenstvo Hrvatske 2006/2007 i 2007/2008, zajedno sa dva Kupa Hrvatske tih sezona.
U ljeto 2008. godine Klub preuzima predsjednik gosp. Ivica Đolo te zajedno sa suradnicima Ivom Pukanićem i Krešom Martinovićem sjedište Kluba prebacuje u Zagreb i preimenuje Klub u MNK Nacional Zagreb.
MNK Nacional Zagreb u mandatu gosp. Ivice Đole osvaja Prvenstvo Hrvatske pet puta, i to u sezonama 2009/2010, 2012/2013, 2014/2015 i 2015/2016, 2016/2017 i Kup Hrvatske četiri puta 2008/2009, 2009/2010 i 2014/2015, 2016/2017 te jedno juniorsko Prvenstvo Hrvatske u sezoni 2009/2010 i kadetsko Prvenstvo Hrvatske u sezoni 2015/2016.